Miguel Ángel Martínez es autor de 106 artículos de investigación publicados en revistas indexadas en PubMed y de 3 patentes mundiales. Ha escrito 10 capítulos de libros y fue editor invitado de RNA Interference and Viruses, Current Innovations and Future Trends (publicado por Caister Academic Press, Norfolk, Reino Unido, 2010). También ha dirigido ocho tesis doctorales. La mayoría de sus publicaciones han versado sobre el VIH y el VHC.
En la actualidad, es editor de Antimicrobial Agents y Chemotherapy (publicadas por la Sociedad Americana de Microbiología, ASM) y miembro del consejo editorial de Antiviral Research (publicación oficial de la Sociedad Internacional para la Investigación Antiviral, ISAR).
Durante más de una década fue jefe de la sección de Virología de la Societat Catalana de Biologia, adscrita al Institut d’Estudis Catalans (IEC), y en 2006 fue galardonado por la Sociedad Internacional del Sida (IAS) por ser el autor más citado en ciencia básica en la revista AIDS.
