Miguel Ángel Martínez es autor de 135 artículos de investigación revisados por pares que figuran en PubMed y de tres patentes mundiales. Es autor de doce capítulos de libros y fue editor invitado de RNA Interference and Viruses, Current Innovations and Future Trends (Caister Academic Press, Norfolk (Reino Unido), 2010). También ha dirigido diez tesis doctorales. La mayoría de sus publicaciones de investigación han estado relacionadas con el VIH y el VHC.

Actualmente es editor de Antimicrobial Agents and Chemotherapy (publicado por la Sociedad Americana de Microbiología), Frontiers in Microbiology y Viruses, y miembro del consejo editorial de Antiviral Research (publicación oficial de la Sociedad Internacional de Investigación Antiviral).

Siendo jefe de la sección de Virología de la Sociedad Catalana de Biología, adscrita al Institut d'Estudis Catalans (IEC), durante más de una década, en 2006 la Sociedad Internacional del SIDA le reconoció con su premio al autor más citado en artículos de ciencia básica publicados en la revista AIDS.